Bebaute und unbebaute Liegenschaften bilden das Vermögen der Stiftung Stift Neuzelle. Bereits mit dem 1996 im Landtag Brandenburgs verabschiedeten Stift-Neuzelle-Gesetz wurden der Stiftung mit der Klosteranlage Flächen im Umfang von rd. 34 ha übertragen. Sie bilden den Grundstock des Stiftungsvermögens. Weitere Zuordnungen von Flächen, die bis 1955 zum Stift Neuzelle gehörten und sich nach 1990 noch in öffentlicher Hand befanden, erfolgten nach Arbeitsaufnahme der Stiftung. Zum Vermögen gehören derzeit rd. 7.800 ha an Grundflächen. Dazu zählen Wohngebäude, gastronomisch genutzte Liegenschaften, andere Miet- und Pachtobjekte, Wasserflächen sowie landwirtschaftliche Nutzflächen. Die Stiftung Stift Neuzelle als Eigentümer verwaltet, vermietet und verpachtet diese Liegenschaften. Aus den Erlösen werden Aufgaben der Stiftung finanziert.

Den weitaus größten Vermögensbestand machen Wald- und Forstflächen aus. Die ersten Waldflächen im Umfang von 570 ha wurden der Stiftung bereits im Jahr 2000 übertragen. Nach weiteren Vermögenszuweisungen durch das Land Brandenburg verfügt die Stiftung Stift Neuzelle heute über Waldflächen im Umfang von 5.600 ha. Sie werden von der Ostdeutschen Gesellschaft für Forstplanung mbH (OGF) verwaltet und bewirtschaftet. Die Flächen liegen in verschiedenen Gemarkungen in der Region etwa bei Henzendorf, Rautenkranz, Rießen oder Fünfeichen.

Die Übertragung von Waldflächen an die Stiftung Stift Neuzelle soll 2013 abgeschlossen werden. Die Stiftung wird dann über einen Waldbestand von rd. 9.000 ha verfügen können. Für die Bewirtschaftung der Flächen wird ein Forsteinrichtungswerk entwickelt, das Aufschluss über Baumartenverteilung, Altersstruktur und Holzvorrat liefert und die Nachhaltigkeit der forstlichen Nutzung unter ökologischen Gesichtspunkten gewährleistet.

Seit 1999 kooperiert die Stiftung Stift Neuzelle mit der Hochschule für nachhaltige Entwicklung (HNE) in Eberswalde. Im Rahmen der Kooperation werden Semester- und Examensarbeiten betreut sowie Bewirtschaftungskonzepte begutachtet.